ऐसे कई Bacteria होते हैं जो हानिकारक भी होते हैं। यह मनुष्यों, जंतुओं तथा पौधों में कई तरह के रोग फैलाते हैं। यह रोगजनक बैक्टीरिया मनुष्य व जन्तुओं के शरीर में विषैले पदार्थ स्रावित करते हैं। इन विषैले पदार्थों को टॉक्सिन (toxin) कहते हैं। इसके कारण शरीर में विभिन्न रोगों के लक्षण दिखाई देते हैं किन्तु इनके साथ ही पोषक के शरीर में भी कुछ पदार्थ उत्पन्न हो जाते हैं जो एण्टी-टॉक्सिन (antitoxin) या एण्टीबॉडीज (antibodies) कहलाते हैं। ये बैक्टीरिया को नष्ट करते हैं और उनके द्वारा उत्पन्न टॉक्सिन के प्रभाव को कम करते हैं।
मनुष्यों और जानवरों में बैक्टीरिया के कारण होने वाले रोग
| रोग (Disease) | बैक्टीरिया (Bacteria) |
| हैजा (Cholera) | Vibrio cholera |
| अतिसार (डायरिया) (Diarrhoea) | Bacillus coli |
| रोहिणी (Diphtheria) | Corynebacterium diphtheriae |
| डिसेन्ट्री (Dysentery) | Shigella dysenteriae |
| जठरान्त्र शोध (Gastroenteritis) | Escherichia coli |
| सूजाक (गोनोरिया) (Gonorrhea) | Neisseria gonorrhoeae |
| पीलिया (जाॅनडिस) (Jaundice) | Leptospira icterohamorrhagiae |
| कुष्ठ रोग (लेप्रोसी) (Leprosy) | Mycobacterium leprae |
| मेनिनजाइटिस (Meningitis) | Neisseria meningitidis |
| महामारी (प्लेग) (Plague) | Pasteurella pestis |
| निमोनिया (Pneumonia) | Streptococcus pneumoniae (Diplococcus pneumoniae) |
| आतशक (Syphilis) | Treponema pallidum |
| टिटेनस (Tetanus) | Clostridium tetani |
| यक्ष्मा, तपेदिक (Tuberculosis) | Mycobacterium tuberculosis |
| टाइफॉइड (Typhoid) | Salmonella typhi (Eberthella typhosa) |
| काली खांसी (Whooping cough) | Bordetella pretussis (=Haemophilus influenzae) |
| ब्लैक लैग रोग (Black Leg Disease) | Clostridium chauvei |
| भेङ का एन्थ्रैक्स रोग (Anthrax) | Bacillus anthracis |
बैक्टीरिया द्वारा पौधों में होने वाला रोग
| रोग (Disease) | परपोषी पादप (Host Plants) | जीवाणु (Bacteria) |
| दग्ध अंगमारी | रोजेसी कुल, जैसे-सेब | Erwinia amylovora |
| चावल की अंगमारी (Blight of paddy) | चावल | Xanthomonas oryzae |
| सेम की अंगमारी (Bean blight) | Phaseolus sp. | Xanthomonas Phase oliindicus |
| कैंकर (Citrus canker) | नींबू, संतरा, इत्यादि | Phytomonas citri |
| कोणीय पर्ण चित्ती (Angular leaf spot) | कपास | Xanthomonas malvacearum |
| पर्ण चित्ती (Leaf spot) | मिर्च | Xanthomonas vesicatoria |
| आलू की म्लानि (Potato wilt) | आलू | Pseudomonas solanacearum |
| गेहूँ में टुन्डू अथवा विलगन (Tundu or bacterial rot) | गेहूँ | Corynbacterium tritici |
| गन्ने में लालधारी (Red stripe of sugarcane) | गन्ना | Pseudomonas ribritineans |